Πριν από 22 χρόνια είχε προκαλέσει πρωτοφανή εκκλησιαστική σύγκρουση στην Κύπρο, που προκάλεσε ακόμη και την παρέμβαση της αστυνομίας – Ο Παγκράτιος κατέχει ακόμη το σχήμα της ιεροσύνης και αν και παραδέχεται ότι είναι φορέας του HIV διαψεύδει ότι είναι ομοφυλόφιλος
Ο Κύπριος αρχιμανδρίτης Παγκράτιος Μερακλής που πριν 22 χρόνια είχε γίνει η αφορμή για μια πρωτοφανή εκκλησιαστική σύγκρουση, δήλωσε στη κυπριακή εφημερίδα «Φιλελεύθερος» ότι τον μόλυναν με τον ιό του AIDS ώστε να τον θέσουν εκτός στη κούρσα διεκδίκησης του Μητροπολιτικού Θρόνου της Μητρόπολης Μόρφου.
Ο Παγκράτιος αποτελούσε επιλογή των πιστών αλλά ο τότε Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος Α’ δεν είχε δεχθεί την υποψηφιότητα του για τη Μητρόπολη Μόρφου λέγοντας πως υπήρχε «κώλυμα».
Η απόφαση του Αρχιεπισκόπου οδήγησε χιλιάδες ανθρώπους έξω από την Αρχιεπισκοπή με αποτέλεσμα να γίνουν συγκρούσεις με την αστυνομία. Το θέμα λύθηκε με την απόσυρση του Παγκράτιου σε ένα χωριό έξω από τη Λευκωσία, όπου ασχολείται με τη γεωργία και τη κτηνοτροφία. Το «κώλυμα» που είχε επικαλεστεί τότε ο Αρχιεπίσκοπος, διέρρευσε ως κουτσομπολιό και φήμη που έφερε τον Παγκράτιο να είναι ομοφυλόφιλος και φορέας του AIDS. Ο ίδιος στη συνέντευξη του στον «Φιλελεύθερο» διαψεύδει ότι είναι ομοφυλόφιλος και παραδέχεται ότι είναι φορέας του AIDS. Υποστηρίζει ότι υπήρξε συνωμοσία και τον μόλυνα με βελόνα, με την οποία είχαν κάνει λήψη αίματος από ασθενή με AIDS. Όπως ισχυρίζεται ο ίδιος ο ασθενής που σήμερα έχει πεθάνει, του είχε αποκαλύψει τη συνωμοσία και όσοι συμμετείχαν σε αυτή σήμερα ζουν αλλά δεν θέλει να τους κατονομάσει.
Ο πρώην Γενικός Εισαγγελέας της Κύπρου Αλέκος Μαρκίδης σε δηλώσεις του ανέφερε πως είχε διαπιστώσει τυχόν διάπραξη αδικημάτων με θύμα τον Αρχιμανδρίτη Παγκράτιο αλλά δεν προχώρησαν οι υποθέσεις γιατί ο Παγκράτιος δεν δεχόταν να εμφανιστεί στο δικαστήριο ως μάρτυρας. Ο κ. Μαρκίδης ανέφερε ότι η άρνηση του Παγκράτιου φαίνεται να είχε σχέση με την χριστιανική διδαχή για αγάπη προς τους εχθρούς του. Έτσι λοιπόν η υπόθεση έκλεισε και ο Παγκράτιος βρίσκεται στο περιθώριο, ως γεωργός και κτηνοτρόφος παρά το ότι κατέχει ακόμα το σχήμα της ιεροσύνης. Ο ίδιος δήλωσε στον Φιλελεύθερο: «Εγώ δεν ήθελα να γίνω δεσπότης, αλλά δεν έπρεπε να πάω κόντρα στη θέληση του λαού… Όταν σπούδαζα Θεολογία στην Αθήνα μου έλεγαν οι καθηγητές μου, ‘και να ήθελες να γίνεις δεσπότης δεν θα γίνεις γιατί δεν είσαι από το συνάφι τους…’. Κι εγώ το είχα υπόψη μου αυτό…».
